国家も秩序も混沌とする時代。そんな荒廃したシティに、悪の組織・ダークマザー率いる浮遊古城が出現する。ダークマザーの頂点に君臨するファントムレディは、ナノメタルスキン強化システム(エンジェルシステム)を我のものにしようと企んでいた。そして、ダークマザー幹部であるクローエとイレーナにエンジェルブレイドを捕らえるべく、あやめの入院先である病院で待ちかまえるよう命じる。だがそこに現れたのは、エンジェルブレイドではなく、あやめの相棒であるエミリィ!クローエとイレーナを捕らえようとするエミリィだが、聖流を人質に取られ逆に捕まってしまう!その後エミリィは、クローエとイレーナによって辱めの限りを受けてしまう…。その魔の手が聖流にのびそうになったまさにその時…!正義の女神・エンジェルブレイドが現れた!
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